Il Consiglio di Amministrazione è l'organo che amministra il CCPB e ne cura la gestione. Le sue funzioni comprendono la formulazione degli indirizzi generali relativi all'attività consortile e la gestione dell'attività economica e finanziaria. Nomina Il Comitato delle Norme di Produzione Biologica e approva gli Standard da questo comitato elaborati.

Il Consiglio di Amministrazione viene eletto dall'Assemblea dei Soci ed è composto da un minimo di 7 ad un massimo di 21 membri che rappresentano aziende associate operanti nei diversi settori della produzione agricola, della trasformazione, della distribuzione dei prodotti alimentari e di cooperative di consumatori.